כאשר נישומים בארנונה מנהלים הליכים בעניין חיובי הארנונה, הם יכולים לבחור להימנע מתשלום הסכומים השנויים במחלוקת, כאשר הרשות המקומית מנועה מלהפעיל את סמכותה לגבייה הסכומים הללו.
זכות זו מעוגנת בסעיף 2(א) לאכרזת המסים (גביה) (ארנונה כללית ותשלומי חובה לרשויות המקומיות) (הוראת שעה), תש"ס-2000:
"על אף האמור בסעיף 1 ובכל דין אחר, לגבי חובות לרשות המקומית, לא תומצא לאדם, לגבי הסכום השנוי במחלוקת, דרישה לפי סעיף 4 לפקודה ולא יינקטו פעולות לפי הפקודה כל עוד לא חלף המועד להגשת השגה, ערר, ערעור, לפי הענין (להלן – הליכי ערעור), ואם הגיש אדם הליכי ערעור או תובענה אחרת – כל עוד לא ניתן פסק דין סופי או החלטה סופית, שאינה ניתנת לערעור עוד; הוראות סעיף זה לא יחולו על הליכי גביה לפי הפקודה שהחלו בהם לפני תחילת תוקפה של אכרזת המסים (גביה) (ארנונה כללית ותשלומי חובה לרשויות המקומיות) (הוראת שעה) (תיקון), התשס"ב-2002".
מאידך, יש גם היגיון בבחירה של נישומים לשלם את הארנונה במלואה, לרבות הסכומים השנויים במחלוקת. שכן, הסכומים השנויים במחלוקת ממשיכים לצבור הפרשי הצמדה וריבית, ובמקרה שחלילה יידחו טענות הנישום, הוא ייאלץ לשלם החיובים בתוספת ריבית משמעותית. לעומת זאת, במקרה של תשלום הסכומים שבמחלוקת, אזי ככל שייקבע בהמשך שחיובי הארנונה היו מופרזים, הרי שהנישומים יהיו זכאים להחזר הארנונה ששולמה על ידם ביתר.